En Mayo de 2003 esta Academia estableció en su seno Institutos destinados a la investigación de cuestiones vinculadas con las materias de su competencia. Simultáneamente ratificó la creación del de Política Ambiental y creó los siguientes: el de Filosofía Política e Historia de las Ideas Políticas; el de Política Internacional; el de Sociología Política; el de Política Constitucional; el de Ética y Política Económica (actualmente Instituto de Política Económica); y el de Bioética. El 22 de agosto de 2008 se sumó el Instituto de Metodología de las Ciencias Sociales (actualmente Instituto de Derecho y Economía), en total ocho institutos.

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